中央結算系統證券存管處接受參與者存入合資格證券，作為交收之用及代為託管。在正常情況下，存入的股票會立即記存於參與者(投資者戶口持有人除外)在中央結算系統的股份戶口內。參與者須為存入中央結算系統證券存管處的股票的完整所有權向結算公司負責。

每位參與者(投資者戶口持有人除外)會獲分配一個股份結算戶口、一個股份權益戶口及十五個獨立股份戶口，參與者可以透過中央結算系統終端機取得顯示這些戶口內每日股份轉移情況的報告。

存放於中央結算系統證券存管處的股份會以香港中央結算（代理人）有限公司，即「共用代理人」的名義登記。這些股份是可互換的，沒有標明屬於某一參與者。以共用代理人作為股份登記持有人並不會改變股份的實益擁有權，即使實物股票已送交過戶登記處登記，參與者(投資者戶口持有人除外)仍可在中央結算系統內繼續履行其交付責任。參與者亦可提取其於中央結算系統內的股份結餘，並從存管處取回股票。

存管處的設施包括服務櫃檯大堂和一個可儲存超過1,500萬張股票的保管庫。

獨立股份戶口及附寄結單服務

除上述的股份戶口外，中央結算系統的所有結算及託管商參與者皆可開設附寄結單服務的獨立股份戶口。結算公司會就每一個由參與者運作的附寄結單服務的獨立股份戶口每月收取少量費用。

獨立股份戶口由中央結算系統參與者控制和運作，但參與者可指示結算公司把載有指定獨立股份戶口的活動結單及月結單直接寄發給他們的客戶或其指定的人士。

結單收取人會在戶口出現股份轉移及 / 或活動時收到當天的活動結單；及按月收到月結單，即使該戶口在結單日的結餘為零，或者該月份並沒有股份變動。

由中央結算系統參與者指定結單收取人獲得戶口結單，將不會影響參與者與結單收取人的關係，也不會影響參與者與結算公司的關係。結算公司仍然只直接為參與者提供服務。