中央結算系統提供結算服務，以決定參與者在證券交易後的股份與款項責任，應付或應收的現金或證券。
系統亦提供交收服務。在到期交收日，有關股份的交收會於參與者在系統內的股份戶口進行存賬或扣賬，而參與者應收或應付的款項亦會記存或記除於參與者在系統內的「款項記賬」。
經中央結算系統進行結算及交收的交易可分為兩類 — 聯交所買賣（於聯交所進行的合資格證券買賣）及非聯交所買賣（「交收指示的交易」，「結算機構的交易」和「投資者交收指示的交易」）。
聯交所買賣︰「持續淨額交收」和「已劃分的買賣」制度
聯交所的所有交易詳情，包括買賣資料及 買賣更改資料，會於每個交易日（T日）由聯交所以電子形式自動輸送往中央結算系統。結算參與者毋須另行輸入或再次確認中央結算系統內的交易詳情。於T日下午六時及八時後不久，結算參與者可透過中央結算系統終端機取得有關其股份及款項數額的臨時結算表，以供對賬之用。而載有已作實結算數額的最後結算表，則於T+1日下午二時後不久提供予結算參與者，以供核實。
「持續淨額交收」制度
聯交所買賣是以淨額方式以「持續淨額交收」制度處理，除非在交易時，該項證券交易已被結算參與者或被香港結算基於風險管理原因劃分出來，以「已劃分的買賣」制度交收。
在「持續淨額交收」的制度下，香港結算透過責務變更成為買、賣雙方經紀的交收對手。兩名結算參與者的單一合約，經責務變更成為兩份合約，即賣方結算參與者與香港結算之間的合約，以及買方結算參與者與香港結算之間的另一份合約。透過成為雙方交收的對手，香港結算便能夠提供交收的保證。
結算參與者在同一日同一隻證券的股份交易會互相抵銷，只餘一個股份淨額。結算參與者在交收日的待交收股份淨額，將轉移至下一個交收日，與同一隻證券的相反持倉淨額互相抵銷。
「已劃分的買賣」制度
「已劃分的買賣」是以逐項交收方式交收。香港結算並不會替代成為買賣的交收對手。公司雖然輔助進行該等交收，但並不提供 保證。
非聯交所的買賣︰「交收指示的交易」，「結算機構的交易」和「投資者交收指示的交易」
「交收指示的交易」
經紀與託管商之間的交易、股份借貸、股份承押及股份組合轉移，均可透過參與者雙方輸入交收指示進行。「交收指示的交易」是以逐項交收方式進行交收。
結算是經中央結算系統每天自動進行的配對程序，透過配對兩項相關的交收指示所載的 詳情而完成，這些資料包括雙方參與者的編號、交收日期、股份代號、數量、付款指示、指示類別、款額及結算貨幣（如適用）。香港結算雖然輔助進行「交收指示的交易」的交收，但並不提供保證。
「結算機構的交易」
香港聯合交易所期權結算所有限公司於一九九五年獲納入為中央結算系統的結算機構參與者。有關股票期權行使後的交易亦會傳送至中央結算系統進行交收。在中央結算系統進行交收的「結算機構的交易」資料詳情，將會列印於第二份「臨時結算表」及「最後結算表」上。
「投資者交收指示的交易」
在中央結算系統內交收投資者戶口持有人和經紀或託管商（同時為中央結算系統參與者）的交易，經紀或託管商（同時為中央結算系統參與者）必須將載有香港結算要求的有關資料的投資者交收指示輸入中央結算系統。
「投資者交收指示的交易」包括投資者戶口持有人與中介人之間的交易、股份借貸交易、股份承押交易及證券的組合轉移。