中央結算系統提供的「股份獨立戶口轉移指示」可讓股份於附寄結單的股份獨立戶口與同一經紀/託管商(同時為中央結算系統參與者)的其他股份獨立戶口或結算戶口之間進行股份轉移。
股份獨立戶口轉移指示必須由經紀/託管商(同時為中央結算系統參與者)於中央結算系統輸入。股份獨立戶口轉移指示共分兩種:「須確認的股份獨立戶口轉移指示」及「毋須確認的股份獨立戶口轉移指示」。
若股份獨立戶口結單收件人欲以「貨銀對付」方式經股份獨立戶口轉移指示收取款項,則必須經其經紀/託管商(同時為中央結算系統參與者)以股份獨立戶口結單收件人名義在中央結算系統內預先開設一個股份獨立戶口的指定銀行戶口。而股份獨立戶口的指定銀行須開設於香港結算所核准的指定銀行。